操作臥式螺旋離心機的時候，首先是開機，接通控制柜電源；啟動主機與輔機； 檢查主電機方向應符合標牌指示方向；啟動后，待主輔機達到額定轉速，加注清水5-10分鐘，確認運行正常后，關閉清水閥。
啟動加藥系統，打開加藥閥；再打開進料閥，逐步加大進料量，直至正常量（禁止突然開大閥門），接著再調節加藥閥，以改變藥量大小，直至出料與出水正常。觀察主機是否平穩，處理效果是否正常，確認開機是否成功。
在進料正常情況下，主機電流不應超出額定電流;若在同一進料量下，發現電流上升，超出額定電流，應立即停止進料或減小進料量，加入清水，到電流正常為止。如不能降下電流，則應停機處理；每半小時對機器各部分巡視檢查一次，如主軸承和差速器溫度，振動，主輔機電流變化等。
臥式螺旋離心機結束運作時，逐步減少進料量，直到停止進料，以及停止加藥； 打開清洗閥，加清洗水或清洗溶劑30分鐘，然后降低轉速清洗2-3次，每次沖洗15分鐘，如果積料還不能沖洗干凈，要適當延長清洗時間，同時檢查進料閥是否完全關閉。
仔細清洗干凈轉鼓螺旋，是為了防止再次啟動時因機內仍有物料而破壞平衡或導致差速器零件損壞，停機后，不允許向機內泄漏物料；注意嚴禁在離心機停機后通清洗液，以免清洗液進入主軸承和螺旋支撐軸承。
停主機，按下主機停車按鈕；待主機停穩后，按下紅色停車按鈕；本機帶有保護電路，主機運行時，才能開啟其他輔助系統，如加藥系統，進料系統等。確認停機是否正常；如在環境溫度0℃以下停機，還要作好防凍等項工作，以免內部殘液凍結而損壞螺旋和差速器。
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